Подводная цивилизация, недовольная проведением ядерных испытаний вблизи своей территории, отправляет наверх гигантского жука Мегалона, чтобы разрушить Токио. Спасти город может только Годзилла, за которым японцы посылают специально созданного робота.

В Японию 1990-х годов прибывают гости из далёкого будущего и предупреждают: если Годзиллу не уничтожить, он вскоре станет причиной глобальной ядерной катастрофы. Чтобы устранить эту угрозу, они предлагают отправиться в прошлое и ликвидировать Годзиллу ещё до того, как он превратится в непобедимого динозавра. Но вскоре возникает новая проблема - в лице трёхголового дракона Кинг Гидоры.