Гениальный ученый Шурагами создал суперорганизм Биорант, используя радиоактивные клетки Годзиллы, что привлекло внимание международной мафии. Именно в этот момент вулкан взорвался, пробудив Годзиллу из спячки на дне Токийского залива. Жители Японии оказались перед выбором: встреча этих двух монстров неизбежна, и только один из них сможет уцелеть. В ответ на эту угрозу силы обороны разработали новое оружие «Супер Икс-2», с помощью которого намерены уничтожить оставшегося в живых монстра.

В Японию 1990-х годов прибывают гости из далёкого будущего и предупреждают: если Годзиллу не уничтожить, он вскоре станет причиной глобальной ядерной катастрофы. Чтобы устранить эту угрозу, они предлагают отправиться в прошлое и ликвидировать Годзиллу ещё до того, как он превратится в непобедимого динозавра. Но вскоре возникает новая проблема - в лице трёхголового дракона Кинг Гидоры.

XVI век, Япония. Страна охвачена пламенем гражданской войны, и тот, кто держит под контролем деревни оружейников и сталеваров, никогда не останется без оружия. Молодой кузнец Госукэ, уставший от бесконечных набегов мародёров на его родной металлургический посёлок, принимает судьбоносное решение: он отказывается от карьеры мастера-оружейника и вступает простым самураем в армию самого Оды Нобунаги. Но едва ступив на поле боя, парень с ужасом осознаёт: эпоха холодного оружия безвозвратно ушла, и теперь миром правят пушки и мушкеты.