На Землю нападает злобный монстр Баттру, возмущенный человеческим отношением к природе, и теперь единственный шанс защитить мир - гигантская бабочка Мотра, спящая миллионы лет. Но пробудить её будет непросто. А если к этому добавить ещё и неуловимые намерения Годзиллы, то можно только догадываться, как сложится ситуация.

Гениальный ученый Шурагами создал суперорганизм Биорант, используя радиоактивные клетки Годзиллы, что привлекло внимание международной мафии. Именно в этот момент вулкан взорвался, пробудив Годзиллу из спячки на дне Токийского залива. Жители Японии оказались перед выбором: встреча этих двух монстров неизбежна, и только один из них сможет уцелеть. В ответ на эту угрозу силы обороны разработали новое оружие «Супер Икс-2», с помощью которого намерены уничтожить оставшегося в живых монстра.

В далекой галактике смертоносное чудовище направляется на Землю, преследуя жестокую цель: разрушить и уничтожить все на своем пути. Робот «Мегера», несмотря на свои мощные возможности, не может остановить угрозу. Тогда на помощь приходит Годзилла, символ бесконечной борьбы и сопротивления.

Весной 1927 года Чан Кайши предал революцию, став ключевой фигурой в жестоких партийных чистках под названием «шанхайская резня», вошедших в историю Китая. Коммунисты и их сторонники были исключены из рядов Гоминьдана – или почти полностью, так как некоторые уцелели. 1 августа того же года революционные части гоминьдановской армии, рабочие дружины и крестьянские отряды самообороны подняли мятеж в городе Наньчане. Этот день стал символическим началом Красной армии, и с тех пор 1 августа отмечается как День рождения Народно-освободительной армии Китая.

В Японию 1990-х годов прибывают гости из далёкого будущего и предупреждают: если Годзиллу не уничтожить, он вскоре станет причиной глобальной ядерной катастрофы. Чтобы устранить эту угрозу, они предлагают отправиться в прошлое и ликвидировать Годзиллу ещё до того, как он превратится в непобедимого динозавра. Но вскоре возникает новая проблема - в лице трёхголового дракона Кинг Гидоры.