1966 год. По заданию ООН астронавты Глен и Фуджи отправляются на исследование Планеты X. Местные гуманоиды сообщают им, что из-за постоянных нападений ужасного Монстра Зеро они вынуждены скрываться под землёй. Во время одного из таких нападений астронавты узнают в монстре Кинга Гидору. По их просьбе с Земли на Планету X доставляют Годзиллу и Родана, и те с честью одерживают победу над чудовищем. Всё казалось бы хорошо, но на самом деле Годзилла и Родан понадобились аборигенам Планеты X совершенно для иной цели...

В Японию 1990-х годов прибывают гости из далёкого будущего и предупреждают: если Годзиллу не уничтожить, он вскоре станет причиной глобальной ядерной катастрофы. Чтобы устранить эту угрозу, они предлагают отправиться в прошлое и ликвидировать Годзиллу ещё до того, как он превратится в непобедимого динозавра. Но вскоре возникает новая проблема - в лице трёхголового дракона Кинг Гидоры.