Долгие годы жители заражённого радиацией островка в Тихом океане почитали своё божество - гигантскую бабочку Мотру и её огромное яйцо, из которого когда-то должна была вылупиться новая Мотра. Так было до тех пор, пока на остров не обрушился тайфун, смывший драгоценное яйцо в море и прибивший его к берегам Японии, где его подобрала бригада рыбаков. Мотра вместе с двумя своими феями-хранительницами попросила людей вернуть яйцо обратно, но получила отказ: находка уже оказалась в руках крупной корпорации, решившей превратить яйцо в прибыльный аттракцион для туристов. Однако, когда страну вновь начал терроризировать Годзилла, людям не оставалось ничего другого, как признать свою ошибку и попросить Мотру о защите.

Семь жителей Токио отправляются на яхт-прогулку, чтобы уйти от городской суеты. Но внезапно начинается шторм, который серьёзно повреждает мачты и вынуждает их остановиться. После того как шторм стихает, оказывается, что мотор не работает, рация молчит, а яхта дрейфует к острову, на первый взгляд безлюдному. Именно здесь начинаются настоящие приключения наших героев.