У берегов Гуама при невыясненных обстоятельствах затонула американская подводная лодка. Адмирал Татибана уверен, что катастрофу устроил Годзилла, король всех монстров, и что почти через полвека после первого нападения на Токио он возвращается, чтобы уничтожить Японию. Чтобы подтвердить или опровергнуть слова адмирала, его дочь Юрико, репортер популярной телепрограммы, пытается разобраться, что стоит за тремя совершенно разными происшествиями, произошедшими в трёх разных районах страны. Она встречается со стариком Исаямой, и тот рассказывает Юрико о трёх монстрах, которые контролируют небеса (Кинг Гидора), морские просторы (Мотра) и земное пространство (Барагон). Только им по силам справиться с разгневанным Годзиллой.

Семь жителей Токио отправляются на яхт-прогулку, чтобы уйти от городской суеты. Но внезапно начинается шторм, который серьёзно повреждает мачты и вынуждает их остановиться. После того как шторм стихает, оказывается, что мотор не работает, рация молчит, а яхта дрейфует к острову, на первый взгляд безлюдному. Именно здесь начинаются настоящие приключения наших героев.