К 1999 году все гигантские земные монстры, включая Годзиллу, были пойманы и отправлены на небольшой японский остров для изучения. Однако группа инопланетян сумела подчинить себе чудовищ, освободить их и направить против человечества вновь. Команде астронавтов поручено срочно найти и ликвидировать базу злобных пришельцев, пока контролируемые ими монстры не сравняли все города планеты с землей.

Из-за неизбежных тектонических процессов Японии грозит погружение под воду. Ученые, отправившиеся в экспедицию изучать подводные тектонические разломы, приходят к выводу, что должно произойти нечто страшное, а именно катастрофа, которая приведет к гибели Японии. Один из исследователей идет на риск потерять свой авторитет, чтобы предупредить правительство о пугающем открытии и о возможной катастрофе в ближайшее время, предлагая заранее подготовить население страны к эвакуации. Однако его слова никто не слышит.