После победы над Боузером и спасения Бруклина Марио сталкивается с злобным альянсом Варио и Боузера-младшего. Теперь вместе со своими друзьями и Йоши он должен противостоять их планам по завоеванию мирового господства, чтобы защитить мир от нового угрозы.