Подводная цивилизация, недовольная проведением ядерных испытаний вблизи своей территории, отправляет наверх гигантского жука Мегалона, чтобы разрушить Токио. Спасти город может только Годзилла, за которым японцы посылают специально созданного робота.

1966 год. По заданию ООН астронавты Глен и Фуджи отправляются на исследование Планеты X. Местные гуманоиды сообщают им, что из-за постоянных нападений ужасного Монстра Зеро они вынуждены скрываться под землёй. Во время одного из таких нападений астронавты узнают в монстре Кинга Гидору. По их просьбе с Земли на Планету X доставляют Годзиллу и Родана, и те с честью одерживают победу над чудовищем. Всё казалось бы хорошо, но на самом деле Годзилла и Родан понадобились аборигенам Планеты X совершенно для иной цели...

В Нагасаки, окутанной тенью прошлого, история одной семьи становится свидетельницей неизвестных событий.