Гениальный ученый Шурагами создал суперорганизм Биорант, используя радиоактивные клетки Годзиллы, что привлекло внимание международной мафии. Именно в этот момент вулкан взорвался, пробудив Годзиллу из спячки на дне Токийского залива. Жители Японии оказались перед выбором: встреча этих двух монстров неизбежна, и только один из них сможет уцелеть. В ответ на эту угрозу силы обороны разработали новое оружие «Супер Икс-2», с помощью которого намерены уничтожить оставшегося в живых монстра.